Es gibt Zwangsmissionen, ja, aber die versperren einem doch nix. Ich konnte bisher alle Missionen danach noch ganz normal machen.
Ich habe im ersten Gebiet (John) mittlerweile alle Missionen abgeschlossen, lediglich zwei Sammalsachen fehlen noch, aber die werde ich wohl gar nicht machen.
Auch nach dem man das Gebiet befreit hat, stehen einem noch alle offenen Missionen zur Verfügung, egal ob Haupt-, oder Nebenmissionen.